El Capitanにしましたら、単語登録ができなくなりました。
何点か試しましたが失敗になりましたが成功した方法をひとつ。
以下の手順で操作しましたら単語登録したものが変換時に表示されるようになりました。
検索語句「Mac ユーザー辞書が登録されない」
参照先：https://discussionsjapan.apple.com/message/100914491#10091449
現在のバージョン
アクティビティーモニターを起動して検索、ダブルクリック
日本語入力プログラムの終了ボタンを押す
押した後
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